乙级联赛创建之初(有间断)采用预赛阶段和决赛阶段的两个阶段，预赛分成若干赛区(前期称组)但出线球队数目不定，决赛阶段又分成分组赛和决赛，均采用循环赛赛会制。1965年乙级联赛停办，1978年乙级联赛恢复后采用分阶段的赛会制双循环比赛，仅1983年实行单循环比赛，1984年乙级联赛开始(包括作为次级联赛和三级联赛的时候)采用预赛阶段和决赛阶段两个阶段的比赛，除1992年分为两个小组外都分成四个赛区，分由四个城市举办赛会制的比赛，每个赛区出线球队数目不定，因此决赛阶段的球队数量也不定，决赛阶段采取赛会制，或实行淘汰赛或实行循环赛不定。

1994年职业化后乙级联赛采取预赛阶段和决赛阶段两个阶段的赛制。1995年改为预赛阶段、复赛阶段和决赛阶段三个阶段，预赛阶段即省市区的选拔赛，胜者进去大区复赛;复赛阶段初分五个赛区，1997年改为四个赛区，复赛实行主客场双循环的比赛，赛区前三名进入决赛阶段;决赛阶段采用赛会制，分成第一阶段小组赛和第二阶段淘汰赛(仅1995年是循环赛)，小组赛分为三个小组，小组前两名和成绩最好的两个小组第三名出线进行每轮两场淘汰赛，而决赛一场定胜负(1995年时小组赛前两名出线进行循环赛)，并一般不设三四名决赛。

1999年的乙级联赛分为两个阶段，取消了预赛阶段。第一阶段是分组赛，3个组分别进行主客场双循环的比赛，小组前四名共十二支球队进入决赛阶段。而决赛阶段赛制不变。而2000年开始再次分为三个阶段。第一阶段是分区预赛，采用主客场双循环赛制前三名出线进入第二阶段。第二阶段是南北赛区的复赛，各六支球队出线，第一阶段交锋过的对手不再交锋第一阶段的成绩带入复赛，每个赛区各四支共八支球队进入第三阶段决赛阶段。第三阶段决赛阶段实行赛会制淘汰赛，依然除了决赛外都每轮实行两场的淘汰赛。

2004年改组中乙联赛后实行第一阶段南北赛区主客场双循环赛制和第二阶段总决赛实行淘汰赛赛会制。起初是南北两个赛区前四名出线进入总决赛。2007年中国大学生足球联赛冠亚军也被允许参加总决赛的比赛，随之赛区冠军直接晋级半决赛，其他六支球队将和大学生足球联赛冠亚军球队通过淘汰赛争夺两张半决赛的资格。2010年由于参赛球队少因此在第一阶段分区赛中采取主客场四循环的赛制，总决赛阶段也不再允许大学生球队参加，且赛区冠军直接进入半决赛，赛区二三名则争夺进入半决赛的资格。

2020年，在疫情防控常态化时期，中乙联赛将采取分阶段赛会制。10月24日至11月29日进行第一阶段比赛，21支球队将在昆明海埂和红河泸西两个赛区分组进行循环赛。20支中乙俱乐部将分成2个组分别落位海埂赛区、泸西赛区，中国U19国家男子足球队自动落位海埂赛区，只参加第一阶段比赛。第二阶段比赛分为升级淘汰赛和降级淘汰赛，第一阶段每组前2名中乙俱乐部将进行3轮淘汰赛确定本赛季中乙联赛第1至4名，其中第1、2名升级;第一阶段每组最后1名中乙俱乐部，将进行2轮淘汰赛确定本赛季中乙联赛第19、20名，第20名降级。

2023赛季中乙联赛首阶段将采用南北分区赛制进行角逐，两个半区分别有8支球队，首先通过双循环主客场比赛，产生各区前4名、后4名球队，然后各区前4名球队(累计8支球队)、后4名球队(累计8支球队)分别落位中乙联赛第2阶段冲甲组、保级组。两组别内，在首阶段比赛中未交手过的球队，再进行双循环主客场比赛。冲甲组成绩前2名球队晋级中甲联赛，保级组最后2名降入中冠联赛。

奖牌

中乙联赛奖牌有金银铜三种，分授冠亚季军。以2010年奖牌为例，其正面有“中国足球协会乙级联赛”字样和中乙联赛的标志，背面有“第一名”等名次字样和年份。获得年度中乙联赛前三名的俱乐部球队，各颁发奖牌40枚。

冠军奖杯

中乙联赛的冠军奖杯正式名称是“中国足球协会乙级联赛冠军杯”，简称“中乙联赛冠军杯”。该奖杯是流动奖杯。获得年度联赛冠军的俱乐部球队名称将刻在流动奖杯上。